1、化肥中不含有機質、腐殖質，因此大量使用化肥，土壤由于有機質和腐殖質的缺乏，土壤團粒結構遭到破壞，造成土壤板結，農植物產量下降。
2、化肥利用率低，氮肥因為易揮發、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品質大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養分趨于單一，易使作物營養失調，從而導致作物內部轉化合成受阻，必然導致作物品質下降，瓜不甜，菜不香。
    4、危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質結合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質。
5、化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6、化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質的變化及環境的污染。
7、從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環。
生物菌肥料的優點：
1、改良土壤
（1）通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。
（2）快速分解土壤有機物質，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調節。
（3）分解土壤中的農藥殘留，避免殘留農藥對下季作物產生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質進行分解。
2、固氮、解磷、解鉀功能
能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產生相應的酶和酸，可對土壤中難溶性的磷、鉀肥（土壤中難溶性磷肥占95%，難溶性鉀占98%）進行分解，從而成為植物所能吸收的磷鉀肥。因此能夠大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。
3、提高作物品質。
解磷、解鉀的同時，能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，同時有益菌代謝產生多種植物所需的物質，如小分子氨基酸、生長刺激物質、維生素等。
4、達到生物防治病害的效果，灌根可抑制土壤中的病菌，噴到葉面，可防止病害的入侵。
5、促進作物早熟和延長采收期。由于土壤理化性質得到改善，土壤養分豐富且平衡，土壤中肥料能夠更好的被作物很好的吸收，因此能夠促進作物早熟和延長采收期。
6、和有機肥配合使用，能夠持續不斷的改良土壤，2-3年就可使土壤完全達到生產有機作物的標準，且因為有益菌能夠快速分解有機物質為作物吸收，所以克服了有機肥料肥效慢的特點，單施有機肥產量低的特點。
7、生物菌肥不像化肥那樣，一次性將過量的可溶性營養元素帶入土壤，生物菌肥可避免環境污染，且有益菌不斷的在植物根系周圍不斷的繁殖代謝，持續地、非過量的向作物提供營養。